Alfonso Morini ouvre un atelier de réparation en 1914, à Bologne. Afin de parfaire ses connaissances, il s’engage dans le Huitième régiment motocycliste. En 1925, il s’associe avec Mario Mazetti et conçoit une moto de course. Il s’agit d’un monocylindre 2 temps de 125 cm³ qui remporte en 1927 le Grand Prix des Nations à Monza. Jusqu’en 1937, les deux hommes accumulent les victoires. C’est alors qu’Alfonso crée sa firme en solitaire : Moto Morini. Durant la montée du fascisme, l’entreprise se voit obligée de fabriquer des triporteurs de 350 ou 500 cm³. Le succès commercial du M610 permet la reconstruction de l’usine malgré son bombardement en 1943. En 1946, la première moto sous la marque Moto Morini est produite officiellement : la T125. Les moteurs 4 temps font leur entrée en compétition en 1953. Morini innove avec une 175 cm³ au Grand-Prix d’Aix les Bains ; la victoire est remportée par Gaston Gaury. Cette cylindrée permettra aussi le lancement d’un pilote encore inconnu : Giacomo Agostini.
Plusieurs modèles routiers en 175 cm³ voient le jour : Settebello, Gran Turismo, Rebello, Briscola, Supersport et Tresette. Un neveu d’Alfonso Morini fonde en 1954 Morini Franco Motori spa. La firme conçoit et fabrique alors les moteurs 2 et 4 temps. En 1958, la plus extraordinaire moto de compétition de la marque nait : la Moto Morini GP 250, lancée à l’occasion du Grand Prix des Nations. Son pilote, Emilio Mendogni prenant la tête de la course dès le premier tour, la garde jusqu’à la fin. En 1961, Tarquino Provini est engagé chez Morini et remporte le championnat italien deux ans de suite. Après le décès d’Alfonso Morini en 1969, sa fille Gabriella prend la direction de la compagnie. Le designer Franco Lambertini quitte Ferrari en 1970 pour signer chez Morini, insufflant un vent nouveau à la firme. En 1971, le salon de Milan révèle la machine qui remportera un grand succès commercial : la 3 ½. Morini lance les motos 125 H et 250 Mono dotées du moteur de la 3 ½ mais sans le cylindre arrière. En 1977, la compagnie présente la 500 GT qui vient épauler la 3 ½. Elle insuffle la création des modèles GT et Sei-V. La Morini 500 GT est d’ailleurs toujours particulièrement recherchée sur le marché de la moto d’occasion. Puis, Franco Lambertini, inspiré par les Formules 1, conçoit le prototype de la 500 Turbo. Durant les années 80, le bicylindre fait son apparition comme sur la 500 Camel ou la 350 Kanguro ainsi que sur la 501 Excalibur et le Custom 350.
Malgré ces nouveautés, l’entreprise périclite en 1987 ; la marque est vendue au groupe Cagiva. En 1996, la firme intègre la Ducati Motor Holding contrôlée par Texas Pacific Group après la vente de Ducati par Cagiva puis est vendue en avril 1999 à Morini Franco Motori. Il faudra attendre 2003 et Giani Berti, homme d’affaire italien qui investit dans Moto Morini, pour que le constructeur de motocycles reprenne vie. Au salon de Bologne de 2004, deux roadsters propulsées par un bicylindre sont présentés : la 9 ½ et la 1200 Corsaro. Mis sur le marché en 2006, ces deux engins sont très appréciés. En 2009-2010 le Tribunal de Bologne met aux enchères Moto Morini. En 2011, la compagnie est reprise, par deux milanais : Sandro Capotosti et Ruggeromassimo Jannuzzelli. L’année 2012 voit la sortie de la nouvelle Rebello et la reprise de la production. Le 14 juillet, Moto Morini annonce une vente aux enchères en ligne concernant des coupons de réservation d’un modèle totalement nouveau et produit en série limitée : la Rebello 1200 Giubileo, une réinterprétation de la moto de 1956 du même nom. Elle sera produite à 600 exemplaires pour fêter les 75 années de la compagnie. Cette Rebello 1200 Giubileo est pourvue d’une technologie innovante intégrée dans la coque de selle. Il s’agit du système Electric Variable Saddle permettant à la machine de devenir une moto à 2 places sans nécessité de retirer la coque de selle mais tout simplement en appuyant sur un bouton. À partir de mai 2012, la fabrication des Scrambler 1200, Corsaro 1200 Veloce et GranPasso est reprise avec quelques réajustements esthétiques et techniques. De quoi permettre à Morini encore de belles années sur le marché de la moto d’occasion.